Il territorio attualmente conosciuto come l'Ecuador è stato popolato da almeno l'anno 2500 A.C. La regione fu in buona misura una zona di frontiera con influenze, tra le altre, delle civiltà nasca, tiahuanaco-huari, chibcha ed anche mexica. Si ha parlato anche di contatti con paesi del Pacifico, giapponesi o polinesiani, benchè su questo aspetto esista ancora molto dibattito.

Si sa con certezza che per il secolo XIV dell'era cristiana il territorio stette diviso tra vari stati guerrieri e diverse lingue. Ad inizi del secolo XV, la nazione Cara, diretta dalla dinastia shiri, cominciò ad espandersi al nord e centro della pre-cordigliera andina. I Cara si stanziarono nel regno di Quito che era l'unità maggiore di una confederazione che non ha lasciato registri storici.

Per la stessa epoca, tanto la nazione Chimú, proveniente della zona costiera nord del Perú, come l'impero Inca cominciarono ad esercitare pressione sui Cara ed altri popoli della regione. Nell'anno 1478 l'inca Urta Yupanqui unificò i paesi agricoli ecuadoriani. In pochi anni, la regione nord del Tahuantisuyu acquisì gran importanza economica e Quito fu il suo centro commerciale. Ma la rivalità per la successione tra il quitegno Atahualpa ed il cuzquegno Huáscar diminuì il potere dell'Impero. Da questa situazione ne aproffitarono i conquistatori spagnoli chi al comando di Sebastián di Benalcázar sottomisero il regno di Quito nel 1534.

Dopo la caduta dell'Impero Inca, l'Ecuador nel 1563 costituì l'Udienza di Quito, dipendente dapprima dal viceré del Perú e poi dal viceré della Nuova Granada (1717); fu di nuovo sotto l'autorità di Lima dal 1723, e fu finalmente restituito alla Nuova Granata nel 1739.

Nel 1809 si effettuò a Quito un sollevamento contro l'autorità della corona. Nel 1822, invadendo dalla Colombia, gli eserciti di Simón Bolívar ed Antonio José de Sucre appoggiarono i ribelli patrioti. Il 24 maggio 1822 sulle pendici del Pichincha, vicino a Quito, Sucre vinse gli spagnoli ed assicurò l'emancipazione dell'Ecuador che si incorporò al progetto bolivariano della Gran Colombia. Nel 1830, la Reale Udienza di Quito si separò dalla Gran Colombia ed adottò il nome di Repubblica dell'Ecuador.

Nel 1895 la Rivoluzione Liberale comandata da Eloy Alfaro attivò le speranze delle maggioranze contadine circa una soluzione alla questione agraria. I beni della Chiesa si confiscarono, ma i latifondi non furono colpiti. Alfaro fu assassinato nel 1912 ed il paese rimase sotto l'influenza economica della Gran Bretagna.

Un colpo militare liderado da militari giovani nel 1925 apre un nuovo periodo riformista, ma il regime non sopravvive alla crisi economica mondiale del 1930. Si apre un periodo di instabilità, con 23 cambiamenti presidenziali tra 1925 e 1948.

Per due anni, dal 1941 al 1942, si trovò in guerra col Perú per questioni di confini. La conferenza di Rio ridusse notevolmente il territorio ecuadoriano, attribuendo al Perú parte delle zone contese, ma gran parte di essa rimane senza demarcare sul terreno, in zone di difficile accesso, causa di sporadici conflitti.

Nel 1962, sotto la pressione degli Stati Uniti, il governo di Carlos Arosemena ruppe relazioni con Cuba. La banana, il caffè ed il cacao rappresentavano 80% delle entrate del paese agli inizi della decade dei 70. Nel 1972 Ecuador cominciò ad esportare petrolio che trasformò la base dell'economia e cambiò anche la situazione politica. L'anziano leader populista Velasco Ibarra fu deposto per la quarta volta dalle forze armate. Durante il governo del generale Guillermo Rodríguez Lara il paese si incorporò all'OPEP, lo Stato acquisì il 25% delle azioni della Texaco-Gulf e fece un'intransigente difesa delle 200 miglia di mare territoriale davanti alle pretese dei pescherecci nordamericani, che originò la chiamata guerra del tonno.

Nell'agosto 1979 assunse la presidenza Jaime Roldós. L'Ecuador ristabilí le relazioni diplomatiche con Cuba, Cina ed Albania, ed il governo tentò di applicare un programma che includeva l'integrazione di popolazioni rurali ed urbane emarginate, ma dovette confrontarsi con un parlamento ostile e con l'opposizione nordamericana alla sua politica di promozione dei diritti umani e contraria alle dittature del cono Meridionale del continente. Nel maggio 1981 Roldòs morí in un incidente aereo, mai chiarito, ed assunse il comando il vicepresidente Osvaldo Hurtado.

Le elezioni di 1984 diedero il trionfo al conservatore León Febres Cordero, del Partito Sociale Cristiano. Febres Cordero compì in linee generali il suo programma di governo: stimolare la libera impresa, sviluppare l'agricoltura ed il settore minerario, propiziare l'investimento straniero ed intavolare relazioni bilaterali col FMI. L'accordo con le 400 banche creditrici supponeva destinare 34% delle entrate per esportazioni al compimento dei nuovi compromessi.

Nel campo internazionale, Febres fu un ardente difensore della politica di Reagan per l'America Centrale. Nell'ottobre 1985 ruppe relazioni diplomatiche col Nicaragua ed in varie occasioni aiutò a finanziare viaggi e spese al leader dei Contras nicaraguensi.

Eletto Rodrigo Borja nel maggio 1988 la situazione economica dell'Ecuador si deteriorò in maniera pesante; a una inflazione opprimente ed un debito esterno da 11 miliardi di dollari si sommava ad un deficit fiscale equivalente al 17% del PBI, una riserva monetaria negativa di 330 milioni di dollari ed una disoccupazione vicina al 15%. La situazione ebbe un lieve miglioramento con gli aumenti dei prezzi internazionali del petrolio, ma il salario reale continuo a diminuire.

Nel maggio di 1990 i presidenti della Bolivia, Colombia, Ecuador, Perú e Venezuela decisero d'iniziare l'eliminazione delle barriere doganali tra i loro paesi a partire dall'1 gennaio 1992, con l'obiettivo di creare un Mercato Comune Andino per il 1995.

Il 28 maggio 1990, gli indigeni della costa iniziarono un sollevamento nazionale la cui forza sorprese tutto il paese. Reclamavano la detenzione della terra ed il rispetto ai diritti umani. La repressione provocò un morto ma non raggiunse i livelli di repressioni anteriori. Il 28 maggio 1991 più di mille indigeni occuparono pacificamente il salone principale del Congresso, reclamando amnistia per un migliaio di indigeno, processati per avere partecipato al sollevamento del 1990.

Il presidente Durán Ballén, eletto nel 1992, eliminò le riforme agrarie degli anni 1964 e 1973, nel giugno 1994. Queste riforme avevano finito con le grandi tenute ed avevano consegnato per la prima volta terre agli indigeni e piccoli contadini. Come risposta, la CONAIE bloccò le vie di accesso a vari paesi e città. Atto seguito, il governo dichiarò lo stato di emergenza ed inviò l'esercito a controllare la situazione. In Ecuador, il 48% delle terre rurali stava in mani delle comunità contadine, maggioritariamente indigeni ed il 41% apparteneva a questioni.

Verso la fine del 1995, numerosi ministri furono accusati dal Congresso per malversazione di fondi pubblici. Questa situazione determinò l'arresto di alcuni di essi e la fuga del paese del vicepresidente Alberto Dahík.

Il populista Abdalá Bucaram trionfò nelle elezioni del 1996 con un 54% dei voti. Il suo primo compito fu tranquillizzare le paure di impresari e finanzieri, preoccupati dall'eventuale compimento delle sue promesse elettorali ai settori più poveri della popolazione.

L'inasprimento fiscale imposto dal Dirigente complicò la situazione di Bucaram. Le forze sindacali convocarono ad una disoccupazione nazionale per il 5 febbraio 1997 e Bucaram indicò che il governo appoggiava la misura per considerarla giusta. Questa inaspettata manovra politica non fermò la caduta di popolarità del presidente, dovuta in parte ai forti aumenti di prezzi decretati: 1000% nelle tariffe telefoniche, 300% nell'elettricità, 245% nel gas d'uso domestico e 60% nel trasporto urbano.

Attraverso un'azione non prevista nelle attribuzioni costituzionali del parlamento, la minoranza dichiarò insano al presidente ed ignorò la sua autorità. Dopo tre giorni di incertezza, nei quali il paese arrivò ad avere tre presidenti, Fabián Alarcón ottenne dal parlamento e dalle forze armate l'incarico per occupare la prima magistratura.

La Corte Suprema di Quito ordinò l'arresto di Bucaram, esiliato in Panama, accusato di corruzione ed in dicembre lo condannò a due anni di prigione per calunnie.

L'Assemblea Costituzionale scelta per voto popolare il 29 novembre 1997 cominciò a lavorare nell'elaborazione di una nuova Carta. L'oppositore Partito Sociale Cristiano ottenne la maggioranza dei seggi con un discorso basato nella decentralizzazione, la lotta alla corruzione e la necessità di drastiche riforme economiche. Membri di organizzazioni indigeni reclamarono il riconoscimento del carattere pluriculturale e plurietnico del paese nella nuova Costituzione.

Nel tentativo di frenare la svalutazione della moneta nazionale, il sucre, che ha perso il 75% del proprio valore in meno di un anno, il presidente Jamil Mahuad rese noto di voler "dollarizzare" l'economia, sostituendo il sucre con il dollaro americano e stabilendo 25.000 sucre per dollaro. Migliaia di contestatori, tra cui molti leader locali, professandosi contrari alla politica economica neoliberale, occuparono gli edifici governativi di Quito, costringendo Mahuad a dimettersi. Sebbene non molto esperto in campo politico ma considerato uno fra i pochi politici onesti in un paese dove la corruzione è la norma, il vicepresidente di Mahuad, Gustavo Noboa.

Dopo aver tentato nel gennaio del 2000 un colpo di stato, esauritosi in poche ore, l'ex colonnello Lucio Gutierrez ha vinto le presidenziali del novembre 2002, con il 56,14 per cento dei voti, battendo Alvaro Noboa, populista di destra e l'uomo più ricco del paese. Nel mese di aprile 2005 il presidente Lucio Guti Érrez è stato destituito e ha chiesto asilo politico al Brasile. In sella al governo dal 20 aprile, Alfredo Palacio ha varato un pacchetto di riforme per ridistribuire i proventi del petrolio in favore della spesa sociale, invece di destinarli alla copertura del debito. Il provvedimento ha riscosso il consenso della piazza. Nel 2007 alla presidenza del paese è stato eletto Rafael Correa.