L'Ecuador, includendo le Isole Galápagos, è il più piccolo dei paesi andini. In America del Sud solo Uruguay, Suriname e la Guayana Francese sono più piccoli. Con un'area di circa 283.000 km², l'Ecuador ha quasi la stessa area dello Stato del Colorado, Stati Uniti dell'America, ed è leggermente più grande della Gran Bretagna.

L'Ecuador è diviso tradizionalmente in quattro regioni naturali :

1. la regione litoranea del Pacifico, chiamata Costa, include le terre basse che si estendono all'ovest delle Ande sotto i 1000 m;
2. la regione andina comprende la cordigliera delle Ande sui 1000 m, occupa la parte centrale del paese ed è conosciuta come Sierra;
3. le terre basse dell'Amazzonia all'est delle Ande, conosciute come l'Oriente, includono la parte inferiore dei fianchi orientali delle Ande sotto i 1000 m; e
4. le Isole Galapagos, arcipelago vulcanico nell'oceano Pacifico a 1000 km all'ovest del continente.

La regione della Costa comprende circa 150 km di larghezza dalle falde delle Ande fino alla costa del Pacifico. Una cordigliera relativamente bassa si estende in forma parallela e vicina alla costa per una distanza di 350 km dalla città di Esmeraldas nel nord fino a Guayaquil nel sud. Le cime della Cordigliera Costiera variano tra 400 e 600 m, ma alcuni cime isolate sorpassano i 800 m.

La Cordigliera delle Ande domina il territorio ecuadoriano, occupa il terzo centrale del paese e si estende dall'antistante nord a sud. Nel nord e centro dell'Ecuador le Ande formano due catene parallele distinte: la Cordigliera Occidentale e la Cordigliera Orientale; l'ultima è conosciuta come Cordigliera Reale. Tra la Cordigliera Orientale e quella Occidentale ci sono una serie di valli separati fra di loro da una serie di nodi alti, trasversali da est a ovest, conosciuti come nodi. La maggioranza delle città andine dell'Ecuador, inclusa Quito la capitale, sono ubicate nelle valli. Entrambe le cordigliere sono incoronate da una serie di vulcani quaternari che eccedono i 5000 m di altezza e sono coperti per ghiacciai. Il vulcano più alto è il Chimborazo, 6310 m. I vulcani più importanti della Cordigliera Occidentale sono, da nord a sud: Chiles (lungo il confine con la Colombia), Cotacachi, Pichincha, Illinizas e Chimborazo. I vulcani principali della Cordigliera Orientale sono Cayambe, Antisana, Cotopaxi, Tungurahua, L'Altare e Sangay.

Il terzo orientale dell'Ecuador continentale abbraccia la parte occidentale del bacino del fiume delle Amazzone. L'Ecuador occupa solo il 2 percento di tutto il bacino amazzonico. Nell'Amazzonia ecuadoriana la maggior parte della terra ferma che si trova tra i fiumi principali, non è una pianura piana e senza fisionomia, bensì una quasi pianura con una micro-topografia complicata da dorsi bassi, frequentemente con pendii inclinati. Al nord del Fiume Napo, l'Amazzonia ecuadoriana è veramente una. Le aree con drenaggio povero sono occupate da pantani e laghi oligotrofi di acque nere. La maggioranza dei fiumi nell'Ecuador nascono nelle Ande e corrono verso ovest all'oceano Pacifico o verso est al bacino amazzonico.

Le Isole Galapagos, conosciute anche come Arcipelago di Colombo, comprendono 12 isole maggiori e numerose isole più piccole ed isolotti rocciosi; l'estensione totale delle Galapagos è di circa 8000 km2.