Numerose tribù semi nomadi guaraní, famose per la sua ferocia e tradizioni guerriere, furono le prime colonizzatrici di quello che oggi è il Paraguay. Nel 1524, Alejo García, si trasforma nel primo europeo in arrivare a terra guaraní.

Tre anni più tardi, Sebastián Gaboto attraversò il Fiume Paraguay, ed il 15 Agosto 1537, Juan di Salazar fondò la città di Asunción. Da questa epoca l'immigrazione continuò, emergendo così la società ispanico-guaraní, dominata da gli europei.

In questo processo di colonizzazione la compagnia di Gesù ebbe la responsabilità di convertire ai Guaraní al Cristianesimo. Finalmente, gli aborigeni accettarono vivere nelle reducciones, comunità teocratiche con un speciale sistema socioeconomico. I missionari furono espulsi nel 1767 ed allora las reducciones furono abbandonate.

Il Paraguay dichiarò la sua Indipendenza il 15 maggio 1811. I primi anni di questa Repubblica furono difficili, col dittatore José Gaspar Rodríguez della Francia, che si proclamò dittatore perpetuo, anche conosciuto come Il Supremo; il suo successore Carlos Antonio López riuscì a finire con quello periodo di isolamento che colpiva il paese e cominciò con la sua modernizzazione.

Tuttavia, suo figlio e successore, Francisco Solano Lòpez, imbarcò al Paraguay in una guerra contro l'Argentina, Uruguay e Brasile, conosciuta come la Guerra della Tripla Alleanza (1864-70). In questa guerra il Paraguay perse oltre la metà della sua popolazione nei campi di combatte. Le truppe brasiliane occuparono il paese fino al 1874.

Una successione di presidenti ha governato questo paese basso la tutela del Partito Colorado da 1880 fino a 1904 quando il Partito Liberale si impadronì del controllo fino a 1940. Nei anni 30 e 40 il Paraguay si vide avvolto nella guerra del Chaco contro Bolivia, per il possesso del Chaco (territorio ritenuto ricco di petrolio), che finì per attribuire al Paraguay il territorio contestato.

Le guerre e una serie di Governi repressivi hanno fatto del Paraguay uno dei paesi più poveri dell'America Latina, nonostante le considerevoli risorse naturali. Nel maggio 1954, un colpo militare capeggiato dal generale Alfredo Stroessner si prese il Governo e si trasformò nel Presidente del paese. Durante i suoi 35 anni di dittatura, le libertà politiche si videro limitate. La tortura, la morte e la persecuzione a nome della sicurezza nazionale e l'anticomunismo fu la spina dorsale di un regime di paura che commise molti abusi.

Agli inizi degli anni Ottanta, il Paraguay si risveglia dal torpore nel quale era caduto grazie al flusso di grandi capitali impiegati per la costruzione della diga sul Paraná, a Itaipú. Il 3 Febbraio di 1989 il dittatore fu deposto per un colpo militare intestato per il Generale Andrés Rodríguez, consuocero ed ex uomo di fiducia di Stroessner. Nello stesso anno il generale Rodriguez salì al potere, dopo le prime libere elezioni, che riuscì a dare una svolta democratica al paese.

Nel maggio 1993, il candidato del Partito Colorado, Juan Carlos Wasmosy fu eletto come il primo presidente civile degli ultimi 40 anni. Wasmosy volle consolidare la transizione democratica del paese, tuttavia, dovette affrontare molti ostacoli. L'economia era molto deteriorata, vari banche caddero in bancarotta, (con essi migliaia di risparmiatori persero tutti i suoi averi), e la disoccupazione aumentò a passi ingigantiti. Con l'appoggio degli Stati Uniti e dell'Organizzazione di Stati Americani (OEA), ed altri paesi della regione, i paraguaiani respinsero nel aprile 1996 un colpo di stato organizzato dall'allora Capo dell'Esercito, ex generale Lino Cesare Oviedo.

Botti fu eletto presidente nei comizi del 10 maggio 1998, ed uno dei suoi primi atti di governo fu lasciare in libertà ad Oviedo allora in carcere. Nel Dicembre 1998, la Corte Suprema di Giustizia dichiarò questa azione incostituzionale. La crisi nel paese si intensificò ed i paraguaiani si divisero. Oviedo maneggiava la situazione ed in realtà rappresentava il potere. L'assassinio del vice-presidente, Luis María Argaña fu la causa della più grave crisi degli ultimi anni nel Paraguay.

Per cinque giorni, Paraguay fu immerso nel caos. Le prime investigazioni vincolavano ad Oviedo e Botti con l'assassinio di Argaña. La pressione popolare portò a Botti a rinunciare, ed a Lino Oviedo a fuggire verso l'paraguay. Luis Gonzàlez Macchi chi era fino al momento della crisi il presidente del Senato fu investito come nuovo presidente del Paraguay, e ha tentato di risollevare il paese sulla base di un governo di Unità Nazionale. L'attuale presidente del Paraguay è Nicanor Duarte Frutos eletto nel 2003.