Nei secoli che precederono la conquista spagnola, l'Honduras come parte dell'area conosciuta come Mesoamerica -che si estendeva fino il nord del Messico-, servì pure come ponte tra gli indigeni di Nord e Sud-America e come posto di incontro per le grandi e piccole culture albergando tanto all'immigrante socialmente sviluppato che si dirigeva verso il sud come ai gruppi ma dispersi e primitivi che emigravano verso il nord.

Ubicata sull'ovest del Honduras, la metropoli Maya di Copán fu una delle grandi città di questa gran civilizzazione. Durante la sua epoca di oro, dal 250 al 900 D.C., i lavori di Copán nelle aree della scultura e dell'architettura, fecero di questa il centro artistico del mondo Maya.

Nel suo ultimo viaggio alle Indie nel 1502, Cristoforo Colombo sbarcò nell'isola da Guanaja che fa dell'arcipelago delle isole della Baia di Honduras. Continuando col suo viaggio Colombo toccò terra ferma per la prima volta nel continente Americano in Punta Castiglia nella Baia di Trujillo.

Nel 1508, Vicente Yañez e Juan Díaz di Solís presiede Cristoforo Colombo al Nuovo Mondo. Essi arrivarono anche a Punta Castiglia, tuttavia ignoravano che Colombo aveva già battezzato questo posto, e lo battezzarono col nome di Capo di Honduras. I conquistatori si riferivano alla regione come la Provincia del Capo di Honduras. Da allora quel nome a stato ridotto a Honduras.

L'impero spagnolo fece la sua residenza permanente in Honduras nel 1524 quando Hernán Cortés ordinò Cristóbal di Olid che fondasse Trionfo della Croce, vicino a quello che oggi si conosce come il porto di Tela. Altri esploratori presiederono, fondando comunità proprie, cominciando una delle più grandi lotte di potere che si sono conosciute nel mondo di allora.

Gli indigeni nativi lottarono contro la colonizzazione spagnola con un esercito ben organizzato capeggiato dal gran capo lenca, Lempira. Molte furono le battaglie che gli spagnoli persero prima di sconfiggere questo guerrigliero indigena. Tuttavia, questa resistenza da parte degli indigeni arrivo alla sua fine solo con la morte di questo gran eroe. Honduras entrò a far parte della capitaneria generale del Guatemala.

Quasi tre secoli dopo l'America Centrale dichiarò la sua indipendenza dalla corona spagnola : 15 Settembre 1821. Per un breve periodo la regione si trasformò in parte dell'imperio Messicano, ma nel 1823 optò per stabilirsi come una repubblica federale di cinque stati centroamericani. Incapace di mantenersi unita (ostacolata soprattutto dalla Gran Bretagna), la federazione si frammentò e passò ad essere cinque repubbliche indipendenti. Gli sforzi dell'eroe centroamericano, Generale Francisco Morazán, per mantenere l'istmo unito sarebbero la causa della sua esecuzione nel Costa Rica nel 1842.

Con la riforma liberale di 1880, l'asse economico passò ad essere il settore minerario grazie all'apertura a tecnologia e capitali stranieri. Alla fine del secolo XIX mise piede nel paese l'United Fruit Co. (UFCo), corporazione statunitense che si impadronì di enormi estensioni di terre, di quasi tutta la produzione di frutta del paese, di ferrovie, barche e porti, e delle decisioni politiche fondamentali.

Nel 1924 Stati Uniti invase l'Honduras ed impose un periodo di democrazia apparente, durante il quale l'UFCo. comprò la Cuyamel Fruit Co., la sua principale competitrice, e riuscì il monopolio della produzione bananiera. Washington consegnò il potere a Tiburcio Carías Andino che governò con mano forte il paese tra il 1933 e il 1949.