Dal 2000 a.C. al 250 d.C. le prime manifestazioni delle culture autoctone appaiono associate alla vita di piccoli villaggi agricoli urbani sulle coste del Pacifico dalle terre dell'Altopiano alle terre basse del Petén.

Lo splendore della civiltà maya, dal 250 d.C al 900 d.C., si manifesta attraverso il dominio di tecniche agricole molto sviluppate: canali d'irrigazione, terrazze artificiali, estensione del potere politico-religioso, sviluppo di reti di commercio a grande distanza e conseguente influenza tra diverse culture.

Dal 900 al 1500 d.C. si presentano profondi cambiamenti nell'organizzazione politica e sociale; si evidenziò il predominio dell'organizzazione militare su quella religiosa. Le città ubicate su terre basse, ora vengono spostate in luoghi poco accessibili e protetti di barriere naturali.

Nel 1523 Pedro de Alvarado, luogotenente di Cortés, proveniente dal Messico al comando di 300 soldati spagnoli, inizia la conquista del territorio maya, con saccheggio della terra conquistata. Nel 1524 viene fondata la città di Santiago de los Caballeros de Guatemala. Gli indigeni vengono dominati, sfruttati al limite delle loro forze e subiscono una decimazione che li porta vicini alla scomparsa totale. Lo sfruttamento degli indigeni è continuato anche dopo l'indipendenza per il susseguirsi di governi rappresentativi solo della minoranza ladina nelle cui mani erano e sono concentrate le ricchezze del Guatemala.

Il nome di Guatemala venne dato all'inizio del XVI secolo dai conquistadores spagnoli alle terre del Nord dell'America Centrale. Il Guatemala proclamò la propria indipendenza il 15 settembre 1921, poi fu annesso per un breve periodo all'impero messicano (1822-1823); ritornato indipendente nel 1823, l'anno seguente entrò a far parte della federazione delle Province Unite dell'America Centrale che stabilì la capitale a Guatemala.

Si costituì ufficialmente in repubblica nel 1824. La figura dominante del XIX secolo fu quella del generale J. R. Barrios, che governò con poteri dittatoriali dal 1873; egli confiscò i beni del clero, costrinse gli Indios al lavoro, e iniziò la costruzione della rete ferroviaria. Allo scoppio del secondo conflitto mondiale il Guatemala dopo essersi dichiarato neutrale, entrò in guerra a fianco degli Stati Uniti nel 1941 e nazionalizzò le piantagioni di caffè trasformandole in coltivazione a regime cooperativistico.

Nel 1954 la United Fruit Company sostenne un colpo di stato armato, spalleggiato dagli Stati Uniti, che depose il Presidente Jacobo Arbenz. L'amministrazione Arbenz era considerata pericolosamente comunista, perché aveva suddiviso le grande proprietà rurale per dare terra agli Indios. Da quel momento il potere è stato nelle mani dei militari; all'inizio tutta la terra fu restituita ai grandi proprietari, ma poco a poco ci sono state alcune concessioni agli Indios per mitigare la pericolosa situazione di disuguaglianza e conflittualità.

La politica interna durante questo periodo fu caratterizzata dal contrasto tra forze di destra e di sinistra, queste ultime organizzate in nuclei di guerriglieri apparsi nel 1960. La guerriglia in Guatemala non nasce da motivazioni ideologiche, ma dal malcontento nei confronti di un regime corrotto per cui l'origine del conflitto va ricercato nella situazione di violenza, corruzione, fame, sfruttamento e mancanza di rispetto della vita umana.

Il 31 gennaio 1980 un gruppo di manifestanti occupa pacificamente l'ambasciata spagnola dopo aver inutilmente chiesto un incontro con il presidente della Repubblica per denunciare la feroce repressione nel Quiché; la polizia incendia l'edificio. Nel rogo periscono tutti i manifestanti e gli addetti all'ambasciata. Dopo questo episodio gli indigeni entrano nella guerriglia.

Gli anni ottanta sono caratterizzati da una feroce repressione. Nel 1984 sotto le pressioni delle istituzioni internazionali e di molti paesi che minacciano di interrompere gli aiuti economici, il governo militare decide di riaprire ai civili. Nel 1986 per la prima volta un civile fu eletto presidente della repubblica, dopo quarant'anni : Vinicio Cerezo. Cominciò a smantellare alcuni apparati repressivi come la polizia segreta, ma gli omicidi politici non cessarono. L'aumento dei prezzi portò ad agitazioni sociali e di fatto i militari continuarono a controllore la vita politica del paese.

Il Guatemala che ha aspirato tradizionalmente a migliorare il suo accesso al Mare Caraibi nel 1991 ha però finalmente riconosciuto la sovranità del Belize, ponendo fine a un conflitto sui confini durato 150 anni.

Nel 1991 il presidente Jorge Serrano lanciò un piano di pace totale che, grazie anche all'intermediazione dell'ONU, riuscì a lasciar finalmente intravedere uno spiraglio di una possibile composizione di questa guerra civili ormai endemica. La firma della pace è avvenuta il 29 Dicembre 1996 nella capitale guatemalteca. I 36 anni di conflitto hanno prodotto: 150.000 assassinii, 50.000 desaparecidos, 1.000.000 di rifugiati, 200.000 bambine e bambini orfani, 40.000 vedove, centinaia di villaggi distrutti.

Il 26 aprile 1998 il vescovo Gerardi, coordinatore del progetto interdiocesano Ricupero della memoria storica, viene brutalmente assassinato. Soltanto 48 ore prima, nella cattedrale metropolitana di Città del Guatemala, aveva presentato il rapporto "Guatemala: nunca más" (Guatemala: mai più), che documenta decine di migliaia di casi di violazione dei diritti umani nei 36 anni della guerra.

Dopo le elezioni del 14 gennaio 2000 si è costituito un nuovo governo, guidato da Alfonso Portillo, esponente della destra. Reo confesso di omicidio, Portillo ha vinto sostenendo che se ha potuto difendere se stesso, difenderà anche i cittadini. La principale promessa della sua campagna elettorale ha avuto per oggetto la riorganizzazione delle forze armate del paese. Per stimolare l'economia, nel giugno 2000 il Guatemala, insieme a El Salvador e l'Honduras, ha firmato un accordo di libero scambio con il Messico. La grave crisi economica e il conseguente degrado delle condizioni generali di sicurezza, dovuto anche alla presenza diffusa di armi, fanno registrare negli ultimi sei mesi una recrudescenza di atti di violenza e di criminalità comune.

Nel 2003 il dittatore militare Efrain Rios Montt, responsabile del massacro di decine di migliaia di persone durante la guerra civile, è stato riconosciuto dalla Corte Suprema idoneo a partecipare alle elezioni presidenziali di novembre. Le elezioni, tuttavia, hanno segnato la sconfitta sia di Rios Montt che del presidente in carica Portillo, e la vittoria di Oscar Berger. Il nuovo leader ha iniziato il suo mandato nel gennaio del 2004 e ha avviato un percorso politico volto a migliorare le condizioni socio-economiche del Paese. Uno degli obiettivi di Berger è raggiungere la stabilità interna necessaria al rilancio internazionale del Guatemala. Portillo e l'ex dittatore Efran Rios Montt sono agli arresti domiciliari per genocidio.