Gli aborigeni che popolarono i territori di quello che oggi è l'Uruguay si stabilirono attorno al 10.000 a.c. secondo datazioni ottenute in Salto Grande. Erano gruppi di cacciatori-raccoglitori. La produzione ceramica appare per il 2.400 a.c. e l'agricoltura ha datazione precisa nel 700 a.c.

Arrivando gli europei, trovarono tribù di guaraní stabiliti nel suolo uruguaiano attorniati in villaggi. Nella regione centrale c'erano altri gruppi di cacciatori-raccoglitori, come i charrúas, minuanes, yaros, bohanes e guenoas, che vivevano in tende.

Il territorio che oggi fa parte dell'Uruguay fu scoperto nel 1516 dall'esploratore spagnolo Juan Díaz di Solís, primo europeo che navigò per il Rio de la Plata; lo stesso anno, i membri della sua spedizione morirono a mani degli aborigeni, i charrúas, tribù che si oppose ai tentativi di colonizzazione del territorio durante il secolo XVI. Il primo insediamento permanente fu quello realizzato dagli spagnoli nel 1624, in Soriano, sulle rive del fiume Nero.

Tra il 1680 e il 1683, per sfidare la sovranità spagnola della regione, i colonizzatori portoghesi del Brasile stabilirono diversi insediamenti su le coste del rio de la Plata, di fronte a Buenos Aires, come la Nova Colonia do Sacramento. Tuttavia, gli spagnoli non effettuarono nessun tentativo per sloggiare i portoghesi fino al 1723, quando questi cominciarono a fortificare le altezze che circondano la baia di Montevideo. Una spedizione spagnola proveniente di Buenos Aires obbligò i portoghesi ad abbandonare il posto nel quale gli spagnoli fondarono nel 1726 la città di Montevideo. La rivalità ispano-portoghese continuò durante il secolo XVIII, finendo nel 1777 col instaurazione della sovranità spagnola sul territorio sotto la giurisdizione del viceré che aveva la sua sede a Buona Aires.

Nel 1810 e il 1811, i rivoluzionari uruguaiani al comando del generale José Gervasio Artigas si unirono a i patrioti di Buenos Aires nel suo innalzamento contro la Spagna. Il governatore spagnolo fu espulso da Montevideo nel 1814, ma nel 1816 i portoghesi del Brasile, percependo che il nuovo territorio emancipato conosciuto come Banda Orientale dell'Uruguay si era debilitato durante la sua lotta contro la Spagna, invase il territorio, apparentemente per ristabilire l'ordine.

La conquista portoghese si completò nel 1821, momento in cui la Banda Orientale fu annessa dal Brasile. Gli insorti diretti da Juan Antonio Lavalleja, i celebri Trenta Tre Orientali, ristabilirono l'indipendenza del paese nel 1825 e, con la collaborazione di Argentina, liberarono una guerra con successo contro il Brasile che nel 1828 riconobbe l'indipendenza uruguaiana.

Nel 1830 si proclamò la Repubblica Orientale dell'Uruguay. Nel 1836 vide la nascita dei due partiti tradizionali uruguaiani, i bianchi e i colorati che in forma intermittente e con l'aiuto dei paesi confinanti lottarono per il potere. Tra il 1865 e il 1870 l'Uruguay si alleò con Brasile ed Argentina nella guerra della Tripla Alleanza contro Paraguay.

Agli inizi del secolo XX, i due gruppi politici si trasformarono, il primo in partito conservatore, attraendo fondamentalmente alla popolazione rurale ed il clero, mentre i colorati adottavano posizioni progressiste e proponevano una avanzata legislazione sociale. Durante la presidenza del colorato José Batlle ed Ordóñez (tra il 1911 e il 1915), un presidente di ampie vedute sociali, si promulgò un ampio corpo di leggi sociali, che trasformò l'Uruguay nel paese più progressista di America.

Nel 1931 assunse la presidenza Gabriel Terra, e due anni dopo esigette l'emendamento della Costituzione uruguaiana per ampliare i poteri presidenziali; davanti alle proteste che originarono le sue domande, instaurò una dittatura. In 1934, l'Assemblea Costituente redasse una nuova costituzione.

In rappresaglia per la politica uruguaiana di concedere asilo ai rifugiati politici dell'Argentina, il dittatore di questo paese, Juan Domingo Perón, impose restrizioni ai viaggi ed alle relazioni commerciali con l'Uruguay. In protesta, il governo ruppe i lacci diplomatici con l'Argetnina nel 1953.

Frattanto, la caduta dei prezzi della lana e la riduzione delle esportazioni di carne provocarono l'aumento della disoccupazione e l'inflazione. Per migliorare la sua situazione, nel 1956 Uruguay firmò vari accordi commerciali con la Repubblica Popolare della Cina ed altri paesi comunisti. Tuttavia, queste misure non ostacolarono che continuasse il deterioramento economico.

Nel 1958, dopo 93 anni ininterrotti di governo colorato, i bianchi vinsero le elezioni per opprimente maggioranza. Il nuovo governo mise in atto varie riforme economiche, ma dovette affrontare la mobilitazione della sinistra e sindacale.

Nel corso degli anni Sessanta l'inflazione aumentò del 50% l'anno, lo standard di vita peggiorò e gli uruguaiani non sono più stati in grado di reggere il livello di importazioni a cui si erano abituati nei giorni di prosperità.

Il malcontento sfociò in grandi scioperi e in un movimento di guerriglia urbana, i Tupamaros, giovani per lo più appartenenti alla media borghesia di Montevideo. Da giugno di 1968 fino a marzo di 1969, l'Uruguay si mantenne sotto una forma modificata di legge marziale (le denominate misure pronte di sicurezza). I tupamaros, movimento di sinistra con impostazione anarchica si rese responsabile, tra l'altro, del rapimento di uomini politici e di industriali a scopo di riscatto. L'incapacità del Governo di fermare i Tupamaros ha aperto la via al golpe militare del 1973 e alle sue violente campagne di arresti politici e torture. Così l'Uruguay conquistò una nuova notorietà, come il Paese con il maggior numero di prigionieri politici per abitante. Nel 1976 c'erano 4600 detenuti politici. Il Governo militare non riuscì peraltro a fermare il declino economico, aggravato poi dalla recessione a livello mondiale.

Nel 1984 l'inflazione era galoppante, la disoccupazione si aggirava sul 15% e il debito estero era salito drammaticamente a 5500 milioni di dollari. Nel 1984, 2 milioni di Uruguayani andarono alle urne e misero fine a undici anni di regime militare. Fu eletto Presidente Julio María Sanguinetti, leader del partito Colorado, liberale, succeduto, nel 1990, il conservatore L. Lacalle. Costui, proseguendo nel processo di ristrutturazione economica, varò nel 1991 una legge mirante a privatizzare in buona parte le industrie statali. Una severa politica fiscale e di stabilizzazione dei prezzi, la riduzione dei posti di lavoro nel settore pubblico e la limitazione degli incrementi salariali dei funzionari a percentuali inferiori al tasso di inflazione migliorò la macroeconomia del paese, ma non quella della gente comune.

L'inquietudine sindacale si mantenne durante i primi anni della decade dei 90, come protesta contro la galoppante inflazione -che raggiunse il 81% nel 1991-ed il programma di privatizzazione. Anche molti simpatizzante del partito filogovernativo si opposero a questo politica, considerando che le industrie privatizzate cadrebbero sotto controllo straniero, principalmente investitori argentini e brasiliani; nonostante queste proteste, Lacalle proseguì con le privatizzazioni.

Il malessere popolare continuò, ed nel 1992 la polizia (come era successo durante il mandato anteriore) si dichiarò in sciopero esigendo migliori salari ed appoggiando le domande di altri gruppi di lavoratori. Davanti alla pressione alla che si vide sommesso, il presidente Lacalle convocò un referendum sulla politica delle privatizzazioni nel quale trionfò di forma chiara il voto contrario. Agli inizi del 1993, una nuova moneta -el peso uruguaiano- sostituì al nuovo peso, con una parità da 1000 a 1. Il presidente annunciò nuove misure di austerità per ridurre l'inflazione.

Nelle elezioni celebrate a finali del 1994 fu rieletto il colorato Julio María Sanguinetti che viene sostituito da Jorge Battle cinque anni dopo e la sinistra per la prima volta in Uruguay vinse l'elezioni e Tabare Vásquez viene eletto presidente il 31 Ottobre del 2004.