Cosi chiamato dal nome di un capo indigeno che comandava sulle popolazioni locali fu esplorato per primo da Gil Gonzáles de Avila o Dávila (1522) divenendo ben presto possessione della corona spagnola. La costa orientale fu colonizzata dagli inglesi nel XVIII secolo, e vi furono portati schiavi giamaicano per il lavoro nelle piantagioni.

Il Nicaragua divenne Indipendente solo a partire dal 1821 e si unì alla federazione delle Province Unite dell'America Centrale, (1826-1838).

Ma le guerre civili (discordie fra le città di León e di Granata), la dittatura dell'avventuriero nordamericano W. Walker (1855-1857) autoproclamatosi Presidente e conservando il potere finché la marina americana non lo cacciò nel 1857, e la crescente influenza inglese preoccuparono gli Stati Uniti, i quali avevano in progetto la costruzione di un canale interoceanico in Nicaragua.

Si formò cosi dapprima un vero e proprio protettorato, trasformatosi ben presto in occupazione militare (1912-1933, con l'interruzione del 1925-1926), che scatenò una reazione nazionalista guidata da Cesar Augusto Sandino (morto nel 1935), che costrinse gli Stati Uniti a ritirare le proprie truppe (1933). Il generale Anastasio Somoza si servì della Guardia Nazionale per instaurare una dittatura personale (1937) e con l'aiuto finanziario degli Statl Uniti represse l'opposizione politica e i movimenti operai.

La dittatura durò fino il 1956, quando Somoza morì in un attentato. La carica di presidente della repubblica fu affidata allora al figlio dell'ex dittatore, Luis Somoza Debayle, confermato poi dalle elezioni per altri sei anni. Con alterne vicende i Somoza riuscirono a mantenersi al potere, tanto che l'opposizione del Fronte sandinista, che andava rafforzandosi, aveva avviato la lotta armata al regime con l'obiettivo di liberare il paese dal monopolio del potere esercitato dalla famiglia Somoza e dall'influenza economica e politica degli Stati Uniti. La guerra civile si estese a tutto il territorio nazionale e vide costantemente la guerriglia all'offensiva.

Nel luglio 1979, quando ormai i sandinisti controllavano quasi tutto Il paese e alcuni quartieri della capitale, Somoza diede le dimissioni e si rifugiò negli Stati Uniti. I primi 18 mesi di vita dei nuovo regime furono caratterizzati da un'intensa attività, che permise de risollevare l'economia, attenuare la disoccupazione, avviare la lotta all'analfabetismo con l'aiuto d'organizzazioni internazionali. Nell'estate del 1982, però, la situazione si aggravò; accanto ai contras (formazioni guerrigliere antisandiniste e anticomuniste) prese parte alle operazioni contro il governo di Managua l'esercito honduregno su pressioni degli Stati Uniti.

Solo con le elezioni presidenziali del 25 febbraio 1990 (anche in seguito alla distensione internazionale avviate dal leader russo Gorbacev), che hanno sancito la vittoria della candidatura dell'opposizione Violeta Barrios de Chamorro, sul candidato sandinista Ortega, sconfitto contro ogni aspettativa, sandinisti e contras firmavano un accordo per la smobilitazione delle forze della guerriglia, dando cosi fine a lunghi anni di guerra civile.

Negli ultimi anni i sandinisti dell'Fsln hanno fatto opposizione democratica, prima a Violeta Barrios de Chamorro, poi all'attuale presidente Alemán Loyola, che da molti è considerato un epigono di Somoza e ha fatto ben poco per favorire la riconciliazione del Paese o per migliorare le sorti della popolazione, alle prese con un tasso di disoccupazione e sottoccupazione che supera il 50 per cento. Dopo un decennio di politica neoliberalista, la mortalità infantile è in aumento e l'analfabetismo, che durante il periodo sandinista era sceso dal 53 all'11 per cento, ha di nuovo raggiunto il 30 per cento.

Certo, ne anche i sandinisti erano riusciti ad abbassare il livello di povertà, ma avevano almeno la scusante di aver ereditato un paese in bancarotta, di dover sostenere ingenti spese militari, di essere costretti a subire un blocco economico che valse agli Stati Uniti una condanna per crimini contro il popolo nicaraguense da parte dell'Alta corte di giustizia dell'Aja. I sandinisti tornarono sulla ribalta politica, presentandosi alle elezioni del 4 novembre del 2001 con l'ex leader del Fronte sandinista, Daniel Ortega, che vinse.