Prima dell'arrivo degli Spagnoli nel XVI secolo, nell'El Salvador c'era la fiorente civiltà degli indios Pipil, che erano collegati agli Azteca. Essi chiamavano il territorio Cuscatlán (terra dei gioielli); di questa civiltà restano vari monumenti, in particolare le rovine di El Tazumán a Chalchuapa. Anche i maya abitarono il paese, ma la sua influenza fu minore.

Ma oggi l'idea di un Salvador terra di ricchezze risulta strana e remota. Dopo sottomettere gli aztechi in Messico, gli spagnoli comandati da Pedro di Alvarado intrapresero la conquista dell'America Centrale. Nel 1525 Alvarado fondò la città dell'El Salvador di Cuscatlán. Il territorio fece parte della Capitaneria Generale del Guatemala, dipendente del Viceré del Messico. L'America Centrale si emancipò dalla Spagna nel 1821 e si organizzò come federazione.

La rivalità interna tra imperialisti e repubblicani derivò nella guerra civile del 1827. Il generale Francisco Morazán, presidente della Repubblica dell'America Centrale tentò di ostacolare lo smembramento del patto federale iniziato nel 1839. Dall'El Salvador, Morazán intraprese la lotta per il mantenimento dell'unione, appoggiato da indigeni nonulcos, capeggiati da Anastasio Aquino. Fu sconfitto nel 1840 ed inviato all'esilio. Anastasio Aquino fu fatto prigioniero e giustiziato.

Divisa l'America Centrale, la Gran Bretagna dominò la situazione. Quando il presidente Doroteo Vasconcelos si rifiutò di accettare pressioni, nel 1848, gli inglesi bloccarono i porti salvadoregni. Nell'ultimo terzo del secolo gli Stati Uniti cominciarono a spostare gli interessi britannici a favore dei loro interessi economici.

Paese agricolo a economia monoculturale (caffè) controllata da poche famiglie, intraprese l'industrializzazione a partire dal 1939, ma ciò aprì nuovi problemi sociali che resero più agitata la vita politica.

Nel 1962 fu eletto presidente della repubblica J.A. Rivera Carballo, a cui succedette nel 1967 il colonnello F. Sánchez Hernández, dello stesso partito. Sotto la sua presidenza si acutizzarono le tensioni con l'Honduras fino a sfociare, nel luglio 1969, in un conflitto armato. L'esasperarsi dei problemi interni favorì la nascita del partito d'Opposizione, che alle elezioni presidenziali del 1972 sostenne la candidatura del democristiano J. Duarte.

Nel 1977 presidente venne eletto ancora una volta il candidato governativo, il generale C.U. Romero, invano contrastato dall'opposizione legale dell'Unione nazionale dell'opposizione. Romero nel novembre 1977 accentuò l'attività repressiva, finendo per favorire in seno all'opposizione i gruppi favorevoli alla guerriglia.

Nell'ottobre 1979 Romero venne rovesciato da un colpo di Stato e la nuova giunta, costituita da militari e civili, cercò il dialogo con l'opposizione non guerrigliera. Il 18 dello stesso mese, però, la guardia nazionale sparò sulla folla, provocando 22 morti e determinando l'interruzione del dialogo. L'opposizione di sinistra diede vita al coordinamento rivoluzionario di massa, che organizzò una grande manifestazione (22 gennaio), dispersa dall'esercito, che provocò una strage.

L'arcivescovo O.A. Romero, che non aveva nascosto la sua condanna all'operato dei militari, fu ucciso nella cattedrale della capitale. Il 12 dicembre il democristiano N. Duarte venne eletto presidente. A luglio Duarte chiese aiuti a Washington e ottenne il sostegno del presidente americano Reagan, che invitò Guatemala e Honduras a collaborare contro i gruppi comunisti presenti in America Centrale.

Nel 1983 fu l'anno della visita del papa (marzo). Giovanni Paolo II, pur auspicando la fine delle ostilità, preferì incentrare il suo discorso sulla condanna della teologia della liberazione. Duarte aprì il dialogo con la guerriglia, grazie anche all'appoggio della Chiesa.

Nell'ottobre 1984 ebbe così luogo a La Palma lo storico incontro tra Duarte, l'arcivescovo di San Salvador, i capi militari del Fronte Farabundo Martì (FMLN) e i due massimi esponenti del FDR (G. Ungo e R. Zamora). Nella politica governativa la repressione divenne nuovamente prioritaria rispetto alla volontà di operare riforme. Le elezioni politiche e amministrative del marzo 1988 sancirono la vittoria dell'ARENA, malgrado il suo leader D'Aubuisson fosse stato messo sotto accusa per l'uccisione dell'arcivescovo Romero.

Il presidente americano Bush, nel gennaio 1991, è arrivato a chiedere la mediazione dell'Unione Sovietica per risolvere la crisi in Centroamerica e soprattutto nell'El Salvador. A marzo si sono tenute le elezioni presidenziali, alle quali ha preso parte anche la sinistra. Malgrado le accuse di frode, la vittoria del presidente Cristiani è stata riconosciuta anche dall'opposizione. A fine aprile i rappresentanti del governo e quelli della guerriglia hanno firmato, a Città del Messico, un accordo preliminare con lo scopo di portare la pace in un paese stanco della guerra civile.

Il 1 gennaio 1992, a New York, dopo 21 settimane di negoziazioni e 12 anni di guerra civile (con un saldo di 75.000 morti, 8.000 scomparsi e vicino ad un milione di esiliati), entrambi le parti firmarono gli accordi e compromessi per procedere allo stabilimento della pace nell'El Salvador; definirono un termine dal 1 febbraio al 3 ottobre 1992, per cessare ogni confronto armato, creare un ambiente favorevole all'applicazione degli accordi e le negoziazioni che continuarono, con la supervisione dell'ONU e l'OEA.

Il 16 gennaio di 1992, nella città messicana di Chapultepec si firmarono gli accordi finali. Negli stessi si contemplò l'introduzione di modificazioni sostanziali nella Costituzione e nella struttura, organizzazione, regolamentazione e formazione delle forze armate; s'accordo la realizzazione di cambiamenti nelle forme della proprietà agraria e si modificò la partecipazione degli impiegati nella privatizzazione delle imprese statali; si definì la creazione di organismi che proteggessero i diritti umani e si garantì l'esistenza politica legale del FMLN.

Nei primi giorni di marzo 1992, si cominciarono a percepire le difficoltà concrete dell'applicazione degli accordi. Vari dirigenti dell'Unione Nazionale di Lavoratori Salvadoregni accusarono il governo di violare gli accordi ed iniziare una campagna propagandistica contro le organizzazioni popolari.

Il risultato dell'investigazione su violazioni ai diritti umani effettuata dalla Commissione Verità, creata per l'ONU, provocò la rinuncia del ministro di Difesa, generale René Emilio Ponce, indicato in detta investigazione come uno dei mandanti degli assassini di sei gesuiti dell'Università di San Salvatore nel 1989. Secondo il documento finale della Commissione, i militari, gli squadroni della morte vincolati allo Stato furono responsabili del 85% delle violazioni ai diritti umani durante la guerra.

La Commissione Verità raccomandò la destituzione di 102 capi militari e la privazione di diritti politici ad alcuni ex leader guerriglieri. Il presidente Cristiani propose allora un'amnistia generale per casi di abuso di violenza che fu approvati appena cinque giorni dopo essersi conosciuto il documento della Commissione Verità, il 20 marzo 1993. Con questa misura, rimasero impuni i crimini più gravi commissioni durante la guerra.

Un anno dopo, il 20 marzo 1994, si effettuarono le prime elezioni dopo della guerra civile. Il candidato della coalizione di sinistra Convergenza Democratica, integrata per il FMLN ed altri gruppi, ottenne il 25,5% nel primo giro, contro il 49,2% del conservatore Armando Calderón Sol, dell'ARENA. Sebbene la sinistra denunciò l'esistenza di frode, gli osservatori dell'ONU nel paese (ONUSAL) assicurarono che il comizio fu pulito. Dopo delle elezioni, il FMLN affrontò una crisi interna provocata dalle differenti visioni dei gruppi che l'integravano.

Secondo l'ONUSAL, la violenza non cessò con gli accordi di pace. Oltre all'esistenza di attività di intelligenza nelle forze armate, il vincolo di denari militari col crimine organizzato e la mancanza di risposte a gli smobilitati d'uno ed un altro bando, fecero crescere i delitti comuni.

La missione dell'ONU incaricata da soprintendere il rispetto agli accordi tra la guerriglia ed il governo lavorò nel paese tra aprile ed ottobre del 1995. La lentezza del processo che incluse il bonifico di terre ed il pagamento di compensazioni ai veterani di guerra, portò nel agosto 1996 all'occupazione delle strade centriche ed edifici pubblici da parte dei danneggiati.

Il 16 marzo di 1997 l'oppositore FMLN ottenne un'importante vittoria nei comizi municipali guadagnando nella capitale e decine di città provinciali. A livello parlamentare l'ARENA, col 33,3% dei voti, conquistò 28 seggi, mentre il FMLN, col 32,1% deli voti, ottenne 27 seggi. Il Partito di Conciliazione Nazionale con 11 seggi e la Democrazia Cristiana con 10 seggi completano la legislatura. La partecipazione elettorale fu eccessivamente bassa raggiungendo appena 40% degli abilitati.

Francisco Flores Pérez fu eletto presidente il 1 giugno 1999. Le recenti elezioni presidenziali del 21 marzo 2004 hanno di nuovo confermato al partito ARENA, con una netta vittoria del suo candidato (58%), Elias Antonio Saca, sul candidato del FMLN Shafik Handal (37%). Il primo presidente in rappresentazione del FMLN è stato eletto nel 2009: Mauricio Funes.