La Repubblica di El Salvador, ubicata tra i 87° 41' e 90° 08' W di longitudine ed i 13° 09' e 14° 27' N di latitudine, ha una superficie di 21 041 km2 (somiglia un rettangolo di 227 km est-ovest e 92 km nord-sud). è il più piccolo Stato dell'America Centrale, ma presenta la maggiore densità di popolazione (248,1 ab. per km2) e limita al Nord con Honduras, al Sud con l'Oceano Pacifico, al est col Golfo di Fonseca che lo separa del Nicaragua ed all'Ovest con la Guatemala.

Orograficamente si differenziano tre regioni comprese tra i 0 e 2700 m, così: (i) il litorale del Pacifico, la pianura costiera, con una larghezza massima di 32 km e prossima al Golfo di Fonseca (15 percento del territorio), (ii) la Meseta Centrale di dorsi, valli ed altopiani, elevazione media di 600 m (25 percento del territorio), nella quale si concentra la maggior parte della popolazione, e (iii) la zona montagnosa, di montagne, valli strette e gole (60 percento del paese), dove si coltiva la maggior parte del caffè di El Salvador.

Due catene vulcaniche attraversano il Paese da est a ovest, separate tra di loro dalla valle del fiume Lempa. A metà della catena meridionale il fiume curva verso nord, tagliando attraverso le montagne e dividendo il territorio in una parte occidentale e una parte orientale. Oltre la catena meridionale, il Lempa si getta nel Pacifico con un ampio delta sabbioso. Nella stagione umida, da maggio a ottobre, il fiume straripa. I rilievi più vicini al mare formano dei gruppi di coni volcanici, molti dei quali attivi. La popolazione è concentrata sull'altopiano temperato, più fresco, piuttosto che sulla costa, con un clima assai caldo e umido, a volte malsano.

Esistono nell'El Salvador 4 laghi, l'Ilopango, 70,1 km2; il Ghiaia, 44,1 km2, il Coatepeque, 24,8 km2; e l'Olomega, 24,2 km2.

Il clima dell'El Salvador si determina dalle masse di aria umide provenienti dai Caraibi (alisei), i movimenti della ZCI ed i venti da nord che trasportano masse d'aria fresca alla fine dell'anno. Prevale la Savana Tropicale Calda (o Tierra Caliente) (occupa il 89,5%), da 0 a 800 m, con rango di temperatura da 22 a 27° C che comprende tutti capoluoghi dipartimentali meno Cojutepeque e Nuova San Salvador.

Le precipitazioni medie annuali variano da 1400 mm nella regione nordovest confinante con la Guatemala, fino a 2400 mm nella regione montagnosa (vulcani di Santa Ana ed Izalco), essendo la precipitazione mezza annuale nazionale di 1850 mm.