La storia della Colombia fino alla conquista da parte degli spagnoli è tuttora poco nota. La cultura indigena più conosciuta della Colombia è la chibcha o muisca, come si richiamavano a se stessi i suoi membri. Estesi al centro e nord del paese ed in quello che è oggi Panamá, praticavano l'agricoltura ed il settore minerario ed avevano un'organizzazione sociale piuttosto sviluppata.

Tra il 1536 e il 1539 la Spagna conquistò la Colombia. Gonzalo Jiménez de Quesada dominò ai chibchas e fondò Santa Fé di Bogotá. La popolazione fu sommessa con sistemi di lavoro che costituirono una schiavitù mascherata. Dopo 300 anni di colonialismo, nel secolo XIX era già sparita la maggioranza dalla popolazione indigena.

All'inizio del secolo XVI coloni spagnoli occuparono parte della costa atlantica dell'istmo di Panama e diedero il via all'occupazione interna del paese, tanto più frenetica perché la ricchezza della città-stato dei Chibcha e la leggenda sul re Eldorado attirarono numerosi gruppi di avventurieri.

Fino al 1718 il paese, chiamato Nuova Granada, fece parte del viceregno di Lima; dopo questa data formò col Venezuela il viceregno della Nuova Granada, di cui divenne capitale Bogotá.

L'agricoltura estensiva destinata all'esportazione (caffè, banane, cotone, tabacco) sostituì la tradizionale (papa, yucca, mais, legno e piante medicinali). Per lavorare nelle piantagioni si ricorse all'importazione di schiavi africani.

Con la rivolta dei "Comuneros" (1781) cominciò un lungo processo che terminò nel 1813 con la dichiarazione di indipendenza di Cundinamarca, promossa da Antonio Nariño. Il processo fu ostacolato dalla lotta tra Nariño, centralista, che rispondevano agli interessi della borghesia urbana e per ende agli europei, ed i federali liderati da Camilo Torres, presidente del Congresso delle Province Unite e rappresentante dei settori popolari. Nel 1816, Pablo Morillo, al commando di un esercito spagnolo inviato in Sudamerica per reprimere le nascenti repubbliche, sconfisse ed giustiziò a Torres.

L'indipendenza giunse solo il 10 agosto 1819, quando Bolívar proclamò l'unione del Venezuela e della Nuova Granada (Stati Uniti di Colombia). Questa unione, però, cui s'era aggiunto nel 1822 l'Ecuador, dovuto alle rivalità locali e la gran pressione britannica non sopravvisse a Bolívar; nel 1830 il Venezuela, poi l'Ecuador decisero la secessione.

Dal 1830 fino ai principi del secolo XX, il paese ebbe nove guerre civili nazionali, quattordici locali e due con i paesi vicini, soffrì tre colpi di stato ed ebbe 11 costituzioni. Impadroniti dello scenario politico colombiano, liberali e conservatori rimasero separati per odi trasmessi ereditariamente, a dispetto di avere programmi di governo simili. La vita politica rimase relativamente calma fino al 1880. Con una costituzione centralista (1886), che sussistette fino al 1958, lo Stato prese il nome definitivo di Repubblica di Colombia.

La perdita del controllo dell'istmo di Panama, la cui politica secessionista fu favorita dal governo di Washington ed i suoi interessi economici, diede avvio a una serie di attriti tra i due paesi, che furono appianati solo nel 1921 con gli accordi Thompson-Urrutía.

Tra 1921 e 1957, si produsse uno sfruttamento vorace delle riserve industrie petrolifere della Colombia, che in realtà sparirono, lasciando agli impresari degli Stati Uniti 1137 milioni di dollari di guadagno. Le firme nordamericane controllavano dal 80 al 90% lo sfruttamento delle banane, il settore minerario ed il 98% della produzione di elettricità e gas.

Nel 1948 fu assassinato nella capitale il leader liberale Jorge Eliécer Gaitán. L'esplosione popolare che provocò la morte di Gaitán fu conosciuto come "il Bogotazo". Tra il 1948 e il 1953, scoppiò una guerra civile, nota come la Violencia (Violenza), in cui morirono 300.000 colombiani. Per mettere fine alle lotte i due partiti maggioritari, liberale e conservatore, si accordarono su un sistema per dividersi il potere. L'accordo e formalmente finito nel 1974, ma continuò nello spirito praticamente fino il 1990. Nel 1991 è stata adottata una nuova costituzione, che ha riformato il sistema elettorale e ha varato una nuova carta dei diritti umani, tentando di rafforzare una democrazia sempre più apparente.

Nel 1974, il presidente liberale Alfonso López Michelsen cercò di dare maggiore attenzione ai richiami popolari, ma i grandi interessi economici fecero fallire quella politica. Nel 1978, solo 30% dei lavoratori occupati ricevevano prestazioni sociali; nel settore agropecuario quell'indice discendeva al 11%. L'entrata di valuta dipendeva dal prezzo del caffè nei mercati degli Stati Uniti e Germania Federale che assorbivano rispettivamente 20% e 36% della sua produzione.

La guerriglia, in questione le FARC ed il Movimento 19 di Aprile (M-19), molto attivi dalla decade anteriore, affrontarono un'intensa repressione dal governo di Julio C. Turbay Ayala (1978-1982). Politicamente molto instabile, dalla metà del 1979 la Colombia ha dovuto fronteggiare la fusione dei due gruppi guerriglieri del M-19 e della FARC, oltre un imponente sviluppo di organizzazioni legate al traffico della droga.

Nel 1982, il conservatore Belisario Betancur fu scelto presidente. Giornalista, poeta ed umanista, Betancur aveva partecipato attivamente alla ricerca della pace nei conflitti dell'America Centrale. Dal governo, incorporò alla Colombia al Movimento dei Paese Non Allineati, difese il diritto delle nazioni debitore a negoziare in forma collettiva davanti ai creditori e, nel 1983, iniziò conversazioni di pace col M-19.

Il 6 novembre di 1985, 35 guerriglieri del M-19 occuparono il Palazzo di Giustizia, a Bogotá. L'intervento dell'Esercito provocò un vero massacro. Morirono tutti gli effettivi del M-19 ed altre 53 persone, tra magistrati e civili.

Situandosi nel centro di questo panorama di violenza, la droga ed i suoi trafficanti si stabilirono come un autentico nucleo di potere. Nel maggio del 1984 fecero assassinare il ministro della giustizia Rodrigo Lara Bonilla, e da quel momento in poi una alleanza narco guerrigliera che non ha molto chiari suoi obbiettivi ha fatto diventare il paese molto difficolombia di governare.

Più di due mila militanti di sinistra sono state vittime del terrorismo, nel 1987 fu assassinato Jaime Pardo Leal, integrante dell'Unione Patriottica. Il senatore e candidato presidenziale liberale alle elezioni di 1990, Luis Carlos Galán, fu assassinato nell'agosto 1989. Aveva promesso smantellare i gruppi paramilitari e combattere la droga. Si liberò, allora, una guerra ad ogni livello tra il governo e la mafia della droga. A marzo 1990 fu assassinato Bernardo Jaramillo, candidato presidenziale dell'Unione Patriota e, 20 giorni più tardi, cadde morto Carlos Pizarro, sostituto di Jaramillo.

Dati ufficiali confermarono l'esistenza di più di 140 gruppi paramilitari nel paese, la maggioranza finanziati dal narcotraffico. Nel frattempo, la DEA (Drug Enforcement Administration) degli Stati Uniti fu accusata di bombardare piantagioni di coca con erbicidi chimici. Nell'economia sotterranea, il commercio di coca processata ed esportata da circuiti clandestini o semi-tollerati produceva enormi guadagni.

Nelle elezioni presidenziali del 27 di maggio di 1990, il liberale César Gaviria fu scelto presidente. Nel dicembre di 1990 si celebrarono elezioni per integrare l'Assemblea Costituente. L'astensione fu del 65 percento.

Il 5 Luglio di 1991 entrò in vigore la nuova Costituzione colombiana. La Carta, amen di creare il carico di vicepresidente e proibire la rielezione presidenziale, consacrò alcune conquiste importanti: il divorzio civile per il matrimonio cattolico, l'elezione diretta delle autorità locali, un regime di autonomia per i popoli indigeni, la figura del referendum e l'iniziativa legislativa popolare. A dispetto dell'infima rappresentazione femminile nella Costituente, si riconobbero l'uguaglianza di opportunità per l'uomo e la donna, l'appoggio speciale dello Stato a quelle che erano capofamiglia, come sussidi alle incinta e partorienti disoccupate o abbandonate.

Nelle elezioni municipali di marzo 1992, in mezzo ad un astensionismo del 70% dell'elettorato, i partiti Liberale e Conservatore mantennero le sue maggioranze, perfino con candidati critici al governo del presidente Gaviria, mentre l'M-19 continuò debilitandosi.

A novembre, il governo decretò lo stato di emergenza. Pablo Escobar Gaviria - capo del cartello di Medellin, poderosa organizzazione di narcotrafficanti - latitante da metà del 1992, ricominciò le azioni armate del cartello. Nel gennaio 1993, apparse il gruppo i PEPES (Perseguiti da Pablo Escobar) che ammazzò trenta membri del cartello in solo due mesi, distrusse varie proprietà di Escobar e perseguì i membri della sua famiglia. Il confronto arrivò a livelli molto alti, con esplosioni di varie automobili-bomba che causarono decine di morti.

Finalmente, il 2 dicembre, forze poliziesche ammazzarono Escobar. Sebbene la sua sparizione fu un duro colpo per l'influenza politica e sociale che aveva raggiunto il cartello di Medellin, il narcotraffico aveva ancora multipli tentacoli, perfino più discreti -come il cartello di Cali - che in qualche modo uscirono fortificati.

Nel secondo giro elettorale e col 50% dei voti, Samper vinse l'elezioni del 1994 sul conservatore Andrés Pastrana. Samper iniziò il suo governo con una serie di vittorie contro il narcotraffico, ma nel settembre di 1995 esplose uno scandalo politico quando un portavoce del cartello di Cali rivelò dettagli delle contribuzioni di quell'organizzazione alle campagne elettorali di Samper e Pastrana, fatto che non poté essere provato. Il ministro della Difesa, Fernando Botero, ex direttore della campagna di Samper, fu inviato in prigione per arricchimento illecito.

Nel agosto di 1996 Samper dichiarò lo stato di emergenza per controllare l'onda di violenza e sequestri, fatto che fu interpretato come un tentativo di proteggersi dagli scandali vincolati alla droga. Ma proseguì l'assassinio di leader oppositori e le azioni dei guerriglieri delle FARC e l'ELN. Con quasi 100 fronti aperti, questi due gruppi controllano sempre di più economicamente estese regioni del paese, dove si fanno carico di tutte le funzioni di governo.

Gli Stati Uniti ritirarono nel marzo 1996 alla Colombia della sua lista di paesi che cooperano nella lotta contro la droga, fatto che la privava dell'aiuto bilaterale e bloccava il suo accesso a fonti finanziarie esterne. A Luglio, Washington annunciò che negherebbe il visto a Samper in un tentativo per rinchiudere diplomaticamente il presidente colombiano.

Nonostante tutte le pressioni Samper riuscì a finire il suo mandato. Il presidente, Andrés Pastrana, affrontò una crisi sociale ed economica come non si vedeva da molti anni. Il paese si sommerse nel caos più totale con fronti di conflitto aperti dappertutto, una negoziazione governo- guerriglia senza fine, un'attività paramilitare che ostacolava qualsiasi accordo, un problema droga senza soluzione e una crescita della povertà che aumentava giorno dopo giorno facendo si che la Colombia venisse considerato il paese più pericoloso sulla Terra.

Con l'attuale presidente, Alvaro Uribe Veléz, la situazione si potrebbe dire che è ancora peggiorata, con l'aiuto degli Stati Uniti ha voluto risolvere il conflitto sociale applicando mano dura ma la situazione sociale soprattutto quella degli strati più poveri è sempre più drammatica e difficile.

Le elezioni legislative del marzo 2006 sono state vinte dalla coalizione che sosteneva il presidente, ma l'astensione ha superato il 50% del totale. La politica del presidente Uribe, rieletto in quello stesso anno, non riusciva ancora a garantire al Paese la completa cessazione delle ostilità. Nel 2010 si svolgevano le elezioni (14 marzo) per il rinnovo del parlamento, vinte dal partito conservatore del presidente Uribe e dai suoi alleati. In giugno il candidato conservatore ed ex ministro della Difesa Juan Manuel Santos vinceva il ballottaggio le elezioni presidenziali.

Nel novembre del 2012 una delegazione delle FARC e una del governo si incontravano all'Avana per discutere un piano per gli accordi di pace. Ad oggi sembra vicino un accordo di pace tra le FARC e il governo che dovrebbe essere confermato mediante un referendum.