L'economia del Salvador, che, gravemente compromessa da anni di guerra civile, sopravvive solo grazie agli aiuti stranieri, si basa principalmente sul commercio e sull'agricoltura che è nelle mani di una piccolissima elite di bianchi. Il mais è la coltura più diffusa (276.000 ha e 582.000 t) e la base dell'alimentazione, insieme con il riso (63.000 t) e fagioli secchi (47.000 t), mentre il caffè (161.000 ha e 97.000 t) è quella più redditizia e fornisce in valore, poco meno del 60% delle esportazioni del paese. Altre colture importanti sono quelle di canna da zucchero, cotone, sesamo, sola e tabacco.

Circa metà della popolazione è impiegata nel settore agricolo che fornisce un quarto del reddito nazionale. La fertilità del terreno è un problema dal momento che i fianchi delle montagne vulcaniche sono stati disboscati, soprattutto per la produzione di legname da ardere, e ciò ha provocato una situazione di grave erosione.

Le foreste contengono essenze pregiate (cedro, mogano, ecc.), ma il loro principale prodotto è il balsamo del Perú, utilizzato dall'industria farmaceutica e dei cosmetici.

Le maggiori città hanno un piccolo numero di industrie, principalmente alimentari, tessili, chimiche e per la produzione del cemento. La produzione minerarie è trascurabile. Scarse le strade tra le città e per lo più non asfaltate. Come le ferrovie, furono spesso interrotte in seguito ai combattimenti.

Dopo la firma del trattato di pace la situazione economica di El Salvador migliorò qualcosa. Nel 1994 l'inflazione nei primi sei mesi raggiunse il 5%. Nonostante, la povertà non si ridusse. Secondo cifre ufficiali, 29% degli abitanti vivono in povertà e 22% in estrema povertà: Più di 400.000 bambini di 6 anni soffrono di denutrizione cronica e 15% dei minori di cinque anni presenta denutrizione grave o moderata.

Como conseguenza della guerra e una caotica situazione economica, El Salvador è il paese con i maggiori problemi di deforestazione del continente latinoamericano. Secondo studi ufficiali 90% della vegetazione è stata eliminata, due terze parti dei suoli sono fortemente erosionati e sottomessi ad uno sfruttamento agricolo inappropriato ed appena 2% dei boschi originali si trovano intatti. Inoltre, 90% dei fiumi sono contaminati dai sistemi fognari e dai residui chimici delle città e più della metà della popolazione beve acqua senza nessun trattamento.