Nacque nel 1929 a Barcelona, ma visse sempre in Colombia. Fece i suoi studi nel "Museum of Fine Arts School" di Boston e ritornò in Colombia nel 1944. In quell'anno avendo chiesto un cambio nel programma di studi nella Scuola di Belle Arti della Università Nazionale, il rettore, Luis López de Mesa, lo nominò direttore della stessa. Fra i suoi allievi ci furono Enrique Grau, Lucy e Hernando Tejada e Julio Abril.

Viaggiò a Madrid per perfezionarsi nella famosa Llotja, ma fu espulso poco tempo dopo dovuto ad una polemica che lo porto a difendere l'arte americana. Da questo momento diventò autodidatta seguendo la corrente espressionista. Più tardi, nel 1949 si trasferì a Paragi, esponendo la sua opera in Francia e Svizzera. Nel 1955 ritornò in Colombia nella città di suo padre, Barranquilla: quell'anno vinse il primi premio nell'esposizione "Gulf Caribbean International" a Houston con il suo olio Velario.

Nel 1941 Obregón pitturò le sue prime opere di rilievo, tra cui un suo autoritratto. Nel 1947 Alejandro Obregòn diede un giro al suo stile e iniziò a pitturare nature morte. Nel 1959 si stabili a Parigi e inizia a coltivare il cubismo futurista. Intorno al 1955 partecipò all'esposizione "Arti Plastiche nell'Architettura" con un progetto murale che fece in poco giorni; da quel momento iniziò la sua pittura simbolista. Nel 1956, inizia ad essere riconosciuto a livello mondiale. Espone a Parigi.

Dopo una tappa di formazione, ritornò a Barranquilla e con alcuni intellettuali come Germán Vargas Cantillo, fondò il gruppo "La Cueva". Durante i suoi ultimi anni si stabilì a Cartagena dove lo sorprese la morte l'11 aprile 1992.

Obregón è stato uno dei primi muralisti in Colombia, avendo pitturato il murale della Biblioteca Luis Angel Arango nel 1969. Nel 1972 fu invitato nei Paesi Bassi dall'aerolinea KLM per fare delle opere sulla navigazione aerea. Quell'anno pitturò un quadro dell'Assunzione di 5 metri per 3 metri per il Vaticano.

Uno dei suoi temi più conosciuti è quello degli animali. Pitturò barracuda, tori, e soprattutto dei condor, forse come protesta.

Fu uno dei pittori contemporanei più grandi della Colombia. Il pittore, muralista, scultore e incisore Alejandro Obregón fu uno dei primi artisti che contribuirono al grande prestigio dell'arte latinoamericano. A lui si deve il nuovo indirizzo dell'arte colombiana. I colori forti e la forma caratterizzarono il suo specialissimo stile di espressione.