Nacque a Bogotá, Colombia, nel 1833. Esercitò il carico di diplomatico rappresentando il governo di Colombia a Washington, fu contrattato dalla editoriale Appleton di New York per tradurre allo spagnolo alcune "nursery rhymes" (filastrocche per bambini) della tradizione orale anglosassone.

Dalle sue esperienze nacquero i suoi libri Cuentos Pintados (Racconti dipinti) e Cuentos morales (Racconti morali) per bambini formali nei quali, più che tradurre, crea y ricrea storie in verso che spiccano, dentro la letteratura infantile ispanoamericana del secolo XIX, per il modo che narra le sue storie. Pombo non è solo il grande classico delle lettere colombiane per bambini ma uno dei grandi promotori di questa modalità letteraria nella regione. Fra i temi delle sue poesia si possono segnalare: l'amore, la natura, la disperazione e la solitudine.

Si possono citare La hora de las tinieblas (Le ore delle tenebre), Preludio de primavera (Preludio di primavera) e per bambini racconti ritmici come Simón El Bobito (Simone Lo Sciocco), Doña Pánfaga, Renacuajo paseador (Ranocchio giramondo), Cutufato y su gato (Cutufato e il suo gatto), Pastorcita (Pastorella), La Pobre Viejecita (La Povera Vecchietta), El niño y la mariposa, Il bambino e la farfalla.

"Rafael Pombo era un uomo di una ampia cultura universale. Fu poeta romantico, scrittore dell'amore e della natura, pensatore, traduttore e scrittore di favole. Era affezionato alla musica e alle arti plastiche. Era inoltre un instancabile lettore e i libri della sua biblioteca erano pieni di note e osservazioni. Tutto questo raffinamento culturale si combina con un gusto e conoscimento profondo della musica popolare. Questa fusione tra il colto e il popolare si riflette in molte sue poesie" (Beatriz Helena Robledo)

Morí a Bogotá nel 1912.